被马士英依为干城的江北四镇一仗没打，纷纷投降满清。等清军占领镇江的消息传到华亭后，陈子龙知道大势已去了。
如果换上一般读书人，可能对大明心灰意冷，在家老婆孩子热炕头，过好下半辈子就行了。可是陈子龙是一个心怀天下的正人君子，他那里能忍心看到万里江山变成腥膻之地？所以陈子龙变卖家产，开始在家乡招兵买马，准备去南京勤王。
可是没想到陈子龙还没准备好，满清大军将南京团团围住，传出来的消息竟然是南京陷落，弘光皇帝朱由崧投降。陈子龙不知道这个假消息是满清放出来的，但是朱由崧被清军抓到确是事实，清军将朱由崧带到苏州城下，守城的文臣武将看到皇帝都投降了，自己还拼什么命？所以一个个都开城投降。
苏州周围府县得知这个消息后，也纷纷投降满清。松江府知府姚序之弃官而去，华亭县知县张大年准备举城投降。陈子龙知道后，联合好友夏允彝、徐孚远在华亭起兵抗清。这个时候正好赶上满清昏了头在全国推行剃头令，一时间已经投降的南直隶各府纷纷复叛，整个太湖流域都成了战场。
而陈子龙带领招募来的数千勇士，联络吴淞副总兵吴志葵、参将鲁之等人，准备进攻苏州。可是满清早已经得知消息，在苏州城下陈子龙带领的反清义军被打的大败，没办法陈子龙只好带着家中老小躲藏在太湖中，暗中积蓄力量，准备再战。
清军对付这帮游击队还可以，但是可对付不了南京城内的马铖，为了集中力量与马铖对战，多铎在占领南直隶的主要府县后就停止了进攻步伐，这样陈子龙那些不入流的游击队也算死中得活。
就这样南直隶各方势力就形成了一个平衡，在这期间内，杭州的潞王与绍兴的鲁王纷纷监国。潞王因为距离太湖流域近，同时潞王当年还是东林党所属意的接班人，所以南直隶各地的反抗军都倾向拥立潞王登基。
陈子龙也是其中之一，他不知道南京这时还未陷落，陈子龙以为满清已经占领了南京，这样自然血统更
近的潞王就应该接任大明皇帝这个职位，所以陈子龙没怎么考虑就接过了潞王的任命，任命陈子龙担任苏松兵备道。
这时期南直隶相对平静，这时候中国人内斗的老毛病又犯了，潞王与鲁王争夺监国的位置，竟然打了一仗。潞王派出军队渡过钱塘江，在萧山与鲁王的军队打了一仗，竟然还打赢了，鲁王朱以海没办法只好从绍兴跑到了宁波，暂避潞王军的锋芒。
陈子龙知道后上了一道折子，劝潞王与鲁王联合，毕竟现在国破家亡，怎能还同室操戈？不过陈子龙只是一个五品兵备道，对朝政完全没有发言权，他的折子在潞王朝廷中也无人听。
就在潞王与鲁王要再次决战的时候，一个天大的消息传来了。盘踞在南直隶的四十万清军，竟然败退回江北，而那个早已经应该沦陷的南京，竟然还在大明手中。而南京城里竟然还有一个皇帝，这就是马铖父子立的绍武皇帝朱伦奎。
强敌的出现，马上让潞王与鲁王握手言和，准备一起对抗朱伦奎。这时候的陈子龙还不知道是自己的好友打败清军，陈子龙看到清军退却，苏州城防备空虚，他就带着几百太湖游击队兵不血刃的占领了苏州，有了功劳自然也就被潞王委任为苏州知府。
成为苏州知府后，陈子龙才得知南京的详细消息，原来南京城并没有被清军占领，皇帝朱由崧逃跑后，城内的文武百官马上拥立了新皇帝朱伦奎，成为朱由崧的合法继承人。
陈子龙接到这个消息后十分后悔，如果按照法理来讲，只有朱伦奎才是朱由崧的合法继承人，可是现在已经是这个样子，没办法陈子龙只能认命了。
接下来就是潞王与绍武朝廷的扯皮，两方越说越僵，没办法只好打一仗了。一开始陈子龙并不认为潞王一方能赢，可是没想到绍武皇帝的军队节节败退，从苏州外围一直退到镇江，这就让陈子龙大跌眼镜了。
不过事后从南京传来的消息让陈子龙知道，那个传说中的军神马铖，在打赢清军后就被夺了兵权，一直赋闲在家。看到这陈子龙知道前一段时间绍武军队的败退绝对不是打不过，而是马铖这家伙玩的手段。
陈子龙也给过祁彪佳合理化的建议，可是祁彪佳根本不听陈子龙的，一意孤行准备夺取南京。
接下来就简单了，朱伦奎被逼的没办法，只好重新将马铖放出来委以重任，祁彪佳也如陈子龙预料的那样，在吕城丢光了全部精锐部队，自己还被马铖抓住送往南京请功。
在苏州城被攻破后，陈子龙并没有跟着那些大小官员一同逃往杭州，而是留在了苏州。他准备见一下马铖，看看这几年这个小兄弟有什么变化。陈子龙在潞王朝廷中算是比较亲近朱伦奎的官员，同时陈子龙看到潞王朝廷大势已去，宁波那个鲁王朝廷也根本不是朱伦奎的对手，所以陈子龙准备留下来投靠朱伦奎。
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